Charlie’s path to dEAth

A simple web interface is provided on SQLMOL now. It is writen in ASP.NET and jQuery is used from Google’s code hosting. The molecule structure images are generated by the Daylight‘s SMI2GIF service. SMI2GIF is so excellent that it can not only transform your SMILES to structure image but also highlight the substructure you have queried.

As SQLMOL is currently only implemented on SQL Server, you should have a MS Windows enviorenment to run it. Then I recommend the free tool Visual Web Developer to handle the source file and run the code to test.

SQLMOL is so simple and light weight substructure search system that can deployed on a common PC in half-an-hour. Just try it.

Filed by charlie at 7:34 pm under English, SQLMOL, chemoinformatics
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SQLMOL是我的第一个开源软件项目，发布在Google code上。是今年春节假期的空闲时间的成果。

作为一个基于关系数据库的化合物结构存储检索关系数据库平台，不同于之前介绍的各类方案，这个方案不需要Cartridge/CLR/UDF等数据库插件，只需要标准的关系数据库环境，用SQL程序即可实现功能。

目前的测试是在SQL Server 2008 express这个免费版本上进行的，以后的计划是在MySQL, PostgreSQL等主流数据库，尤其是免费的关系数据库平台上进行实现。

这个方案主要的原理是在“Chemical Substructure Search in SQL (Adel Golovin and Kim Henrick)”这篇paper中介绍的。将化合物分子中的原子、键的结构，以生成树(spanning tree)的形式存储在关系数据库中，用普通的SQL进行结构检索。为了实现这个方案，在SQLMOL中实现了以下的关键部件

• 用SQL实现的SMILES parser。
• 利用SMILES parser的结果，实现的Data builder和Query builder。

这样，用SMILES表达的化合物结构式信息，就可以用上面的方案导入到关系数据库中；用SMILES表达的结构检索条件，也可以以相同的规则生成，并执行检索。

到现在为止，这个项目的核心程序，SMILES解析器，还没有实现对SMILES协议100%的支持，对某些情况存在错误。

Filed by charlie at 9:13 am under DBA, SQLMOL, chemoinformatics
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