June 5, 2011

用Google Spreadsheet批量生成化学信息和结构图片

 手里有一串CAS或者化学名列表（十有八九是存在Excel里的），想补全其他化学基本信息包括结构式图片，现在已经有一些Excel的插件能用了，不过在Google Spreadsheet里做这件事真是格外感到荡气回肠…

所有的原理、代码、操作指南都是从 http://metamolecular.com/gchem/ 这里学来的。

实验过程全程翻墙。

基本的原理是

  • 有一个Web Service能完成化学方面的事情。这里用的是著名的 http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure
  • Google Spreadsheet能执行自定义的脚本(javascript)；而且脚本里还能用UrlFetchApp.fetch(url)这种去访问网页或Web Service！

脚本安装和使用的过程 http://metamolecular.com/blog/2011/02/22/gchem-easily-convert-names-and-cas-numbers-to-chemical-structures-in-google-spreadsheets/

效果

其他

  • 表格导出Excel文件时自定义脚本都失效了；保存成PDF图都没了。
  • 再加上现在国内墙越弄越nb，恐怕没法作为常用工具去用。
  • 比较容易可以更换成自己写的Web Service，比之现在查到的内容更精准有效。

 

* Filed by charlie at 11:39 pm under chemoinformatics,Tools
* 1 Comment

One Response to “用Google Spreadsheet批量生成化学信息和结构图片”

  1. Tony Yuan
    June 29th, 2011 | 9:24 pm

    Try JSDraw Chemistry Spreadsheet:
    http://www.olncloud.com/oln/jsdraw/N2s.htm

    1. You can type CAS #, Chemical name, SMILES, InChI and some vendor catalog number
    2. Or you can import a CSV file, and set the chemical identifier column type to “Compound ID”, then create another column with column type as “Structure of Compound ID”. So all texts will be converted into pictures.
    3. Then you can download it as SDF, CSV, XML file. If using OLN ( http://www.olncloud.com ), you can also import and export EXCEL files.

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