Charlie’s path to dEAth

在后台用工具将结构式信息都转换成图片格式（PNG, JPEG等），再将图片上传到网站服务器，用普通的图片显示方式显示出来。需要注意的就是一般的产品目录中，产品数量较大，是用数据库生成的列表，批量生成的图片，就需要用产品编号、CAS编号等相对固定的编码对应起来。

后台生成图片的工具很多，大部分化学信息学软件都可以做得到。但是为了方便批量操作，尽量选择有编程接口的软件，至少也要能够通过命令行调用的软件。

使用在线结构图生成服务

可以利用的服务，我在之前的这篇在线化学结构式图片生成服务中详细介绍过。前提基本都是要有化合物的SMILES编码信息。这样做的好处是，不用自己生成图片，不用占用自己网站的空间，甚至不用占用自己网站的带宽。同样潜在的问题是要依赖第三方服务的准确性、可靠性和稳定性。

使用浏览器插件

使用浏览器插件恐怕是最常见的解决方案。一般来说，这样的插件都需要用结构式的mol格式作为输入，mol格式可以从SDFile的连接表部分导出。关于mol 和SDFile格式请参考 Chemical table files。目前也只有使用插件，能够实现结构式的输入。

最常见的网页插件有

JME, http://www.molinspiration.com/jme/，java applet

我所见过的90%以上的在web中显示和输入结构式的浏览器插件，都是用JME来实现的。JME的作者没有声称过这个软件是免费的，非商业用户需要向他发一个邮件来索要。而实际上既然是java applet，直接下载下来用也很容易。而事实上大多数的人都是这么做的。

这个软件估计至少有10年历史了，作者是Peter Ertl。

Jmol, http://jmol.sourceforge.net/, java applet

没有用过。开源的项目，支持的格式非常多，不过还是不支持SMILES/InChI。

Chemdraw plugin, http://www.cambridgesoft.com/software/details/?ds=2&dsv=93, activex

不是免费的，在工作中用到过。功能非常强大，结构式编辑功能与Chemdraw软件基本相当，远远超出其他插件。

Chemwriter, http://metamolecular.com/chemwriter/, java applet

Chemwrite应用并不广泛，功能也不强大，只能说图片显示的质量要比JME好不少，进行了边缘平滑的处理。之所以要提到，是因为这个软件的作者是 Depth-first 这个化学信息学博客的作者Rich Apodaca，我在这里学到了很多有用的知识。

JChemPaint, http://apps.sourceforge.net/mediawiki/cdk/index.php?title=JChemPaint, java applet

基于CDK项目的一个衍生产品。

基于Javascript和AJAX的方案

不论java applet还是activex，都对客户端有所要求。java applet要求客户访问网站的时候，要安装java运行时环境；activex默认在浏览器中不能运行，要客户判断安装并执行，因为有臭名昭著的安全问题。而基于Javascript和AJAX的方案，能够解决这些问题，也符合Web2.0的趋势。

MX-GWT, http://chemhack.com/mx-gwt/, 纯javascript

这是国内的一位叫Duan Lian的同学的作品。是我知道的和见过的唯一的用纯粹的javascript实现的结构式显示和输入方案。这个软件实际上是把Rich Apodaca用java开发的一个轻量级的化学信息处理库，MX，通过Google的GWT编译成javascript，使之能在浏览器里运行。非常棒。

Molinspiration WebME, http://www.molinspiration.com/docu/webme/index.html, AJAX

是开发JME的公司Molinspiration最近开发的AJAX的方案，需要服务器的支持。如果愿意买这个软件的话，Molinspiration提供服务器端支持。对客户来说，仍然只要能支持js的浏览器就行了。

PubChem edit, http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/, AJAX

PubChem在线服务的结构式输入工具，可以拆出来用。而且PubChem也足够开放，提供了很详细的使用说明，包括如何把输入的结构传递到表单。在在线化学结构式图片生成服务提到过，这个编辑器背后隐藏着一个通过SMILES来显示结构式的接口。

Filed by charlie at 9:33 pm under Tools, chemoinformatics, webdev