Charlie’s path to dEAth

SQLMOL是我的第一个开源软件项目，发布在Google code上。是今年春节假期的空闲时间的成果。

作为一个基于关系数据库的化合物结构存储检索关系数据库平台，不同于之前介绍的各类方案，这个方案不需要Cartridge/CLR/UDF等数据库插件，只需要标准的关系数据库环境，用SQL程序即可实现功能。

目前的测试是在SQL Server 2008 express这个免费版本上进行的，以后的计划是在MySQL, PostgreSQL等主流数据库，尤其是免费的关系数据库平台上进行实现。

这个方案主要的原理是在“Chemical Substructure Search in SQL (Adel Golovin and Kim Henrick)”这篇paper中介绍的。将化合物分子中的原子、键的结构，以生成树(spanning tree)的形式存储在关系数据库中，用普通的SQL进行结构检索。为了实现这个方案，在SQLMOL中实现了以下的关键部件

• 用SQL实现的SMILES parser。
• 利用SMILES parser的结果，实现的Data builder和Query builder。

这样，用SMILES表达的化合物结构式信息，就可以用上面的方案导入到关系数据库中；用SMILES表达的结构检索条件，也可以以相同的规则生成，并执行检索。

到现在为止，这个项目的核心程序，SMILES解析器，还没有实现对SMILES协议100%的支持，对某些情况存在错误。

Filed by charlie at 9:13 am under chemoinformatics,DBA,SQLMOL
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