Charlie’s path to dEAth

利用一些网站提供的资源，可以在线生成结构式图片。

DayLight

其中比较突出的是DayLight提供的服务，在另外一篇 结构式图片生成服务, DayLight SMI2GIF 中做过详细介绍。DayLight的服务传入的结构式参数是SMILES，而且有很丰富的参数以调节输出效果。

NIST

NIST是美国国家标准与技术局(National Institute of Standards and Technology)，NIST WebBook 是老牌的免费化合物信息数据库，提供丰富的化合物物理、化学性质数据。其化合物的编码方式，其实是CAS号码。把CAS号码转换成数字，就可以很容易得到结构式图片的地址了。

http://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Struct=C490119

NIST WebBook的数据量并不是很大，只有几万条记录。不知道是不是因为太老的原因（05年就没再更新过），其中还有错误数据。至少到这篇发布的时候，上面的例子仍就是一个错误结构。我写Email报告了这个问题，不知道啥时候能修正。

NLM

NLM是(National Library of Medicine) 它提供的ChemIDPlus数据库 也是用CAS号码进行编码的。数据量要比NIST大很多，结构式输出的质量也更好。

http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/RenderImage?maxscale=30&width=200&height=200&superlistid=000490119

Pubchem

对于化合物的标记，SMILES是公开的标准，直观还原结构式信息，值得应用；CAS不公开不免费，但也成为了既成的行业标准。现在能与CAS相提并论的，我想就是NCBI的PubChem 数据库了。NCBI是美国国立生物技术信息中心(The National Center for Biotechnology Information。在在线数据库的范畴内来说，PubChem的Compound ID(cid)基本上是必被引用的。所以也勉强将它用cid作结构参数的图片生成接口纳入进来。这个接口背后也有很多参数用以调节输出。

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/image/imagefly.cgi?cid=10273&width=400&height=400

有一篇很好的文章，Thirty-Two Free Chemstry Databases（32个免费化学数据库） ，仔细读过的话也许还会有更多的发现。

2008年12月15日更新

Hack PubChem的结构式编辑页面，找到PubChem通过SMILES输出结构式图片的服务

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/editsrv.fcgi?drawevent=paste&sessionid=122931177&smiles=c1(c(cncc1)C(O)=O)C(O)=O&speed=1&nopng=0&vid=&vhadd=0

ChemDB

ChemDB / Smi2Depict: Generate 2D Images from Molecule Files

http://c1ccccc1-2.ics.uci.edu:8081/arrow-webapp/ArrowWebService?action=smi2png&smiles=c1(c(cncc1)C(O)=O)C(O)=O&width=400&height=200&arrowdesc=&extraImageSetting=amap

eMolecules

http://depict.emolecules.com/cgi-bin/mymol/depict.cgi?smiles=c1(c(cncc1)C(O)=O)C(O)=O&width=100&height=100&colorscheme=cow&format=png&submit=image

NCI/CADD, Chemical Identifier Resolver 

美国癌症研究中心

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/c1(c(cncc1)C(O)=O)C(O)=O/image

Filed by charlie at 10:49 pm under Tools, chemoinformatics
2 Comments

GAE到目前为止并没有提供从站点上下载或备份代码的功能，本地的开发代码一旦丢失或损坏，就会有无法恢复的麻烦。所以本地代码用SVN之类的管理工具管理起来是很必要的。
Manatlan编写了一个工具，可以将整个GAE站点的代码打成zip包下载。是一个很简单的过程

在根目录下根据manatlan的代码建立zipme.py。
在app.yaml中加入handles: - url: /zipme script: zipme.py。
访问youapp.appspot.com/zipme即可。

这个程序会通过google的身份认证来判断访问者是不是管理员。而且对于各个版本的代码，也可以分别下载了。
不过不能直接访问代码的确是GAE的明显缺陷。

• 代码可能损坏或丢失而无法恢复
• 使得合作开发模式也并不灵光，开发者之间需要其他渠道交换和维护代码。
• 代码的版本和发布的版本不好对应。

所以相信这个问题很快会解决掉，至少能和Google Code结合在一起，代码管理和发布管理的功能集成起来。

Filed by charlie at 12:48 am under Coding
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现象就是加载了带Java Applet的网页后，直接死翘或者在关闭页面的时候死翘，整个Firefox失去响应，只能强制结束进程。
真好吃: JVM卡死firefox提出了正解。

我的firefox有时候不能正常现实applet
反映就是卡死firefox
但是有一个奇怪的现象就是 如果运行本地的网页applet后
在不关闭firefox的前提下 去看含有applet的网页没有任何问题

我百思不得其解 最后分析出了一个大概的原因
jvm大概无法获取firefox的代理服务器设置
所以就卡死掉了

我在java 控制面板中代理服务器设置选择直接连接就解决问题了

如图设置，搞定

Filed by charlie at 1:22 pm under Tools
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