Charlie’s path to dEAth

SMILES的发明者，DayLight公司提供了一个非常实用的Web Service工具，可以在线通过化合物的SMILES编码，生成它的结构式图片。这个工具就是SMI2GIF 。它是基于DayLight公司的产品”HTTP Toolkit“建立的。我们可以购买这个产品自己建立Web Service，也可以直接在线使用DayLight提供的服务。

下面的图片是一个最简单的在线应用。

图片的HTML代码是

        <img src="http://www.daylight.com/dayhttp/smi2gif?smiles=Oc1ccccc1"></img>
    

DayLight给出了一个参考文档，对这个接口的调用参数和功能，讲述得非常详细。下面就把简单的，我也懂的参数作一点举例介绍。

图片的高度和宽度，线条的粗细，输出的格式(PNG/GIF)

        http://www.daylight.com/dayhttp/smi2gif?width=100&height=100&smiles=O%3DC1CCCCC1&Linewidth=thick&output=PNG

色调搭配

提供了几种基本色调

COB - color on black

COW - color on white

COP - color on paper

BOW - black on white

BOP - black on paper

WOB - white on black

WOP - white on paper

        http://www.daylight.com/dayhttp/smi2gif?smiles=O%3DC1CCCCC1&colormode=COW
    

对原子单独指定颜色

        http://www.daylight.com/dayhttp/smi2gif?numcolors=10&tdt=%24SMI%3COCCCCCCCCCC%3EALAB%3C0.0%2C.1%2C.2%2C.3%2C.4%2C.5%2C.6%2C.7%2C.8%2C.9%2C1.0%3E%7C
    

是否显示手性结构

        http://www.daylight.com/dayhttp/smi2gif?hide_chi_h=false&smiles=C[C%40%40H](N)C(%3DO)O
    

突出显示子结构

这样的功能一般都用在子结构检索之后的结果输出中。

        http://www.daylight.com/dayhttp/smi2gif?smiles=O%3DC1CCCCC1&highlight=O%3DC
    

URL编码

对查询URL中的SMILES字符串，应该用URL-Encode(RFC1738)进行编码。同时，SMI2GIF也支持省略掉百分号的简洁编码方式，比如 (O=C1CCCCC1)可直接表示成 4f3d4331434343434331

参数缩写

SMI2GIF的各个参数，都可以按照下面的映射进行缩写

Filed by charlie at 8:06 am under Tools, chemoinformatics
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